XVIII століття. У трактирі «Адмірал Бенбоу», розташованому неподалік від англійського міста Брістоль, поселяється таємничий незнайомець – важка літня людина із шабельним шрамом на щоці. Його кличуть Біллі Боні. Грубий і неприборканий, він у той же час явно когось боїться й навіть просить сина хазяїв трактиру Джима Хокинса стежити, чи не з’явиться в окрузі моряк на дерев’яній нозі

Нарешті ті, від кого Біллі Боні ховається, знаходять його; першого незваного гостя, чоловіка із блідою, землистою особою кличуть Чорний Пес. Між Біллі Бонсом і Чорним Псом спалахує сварка, і Чорний Пес, поранений у плече, рятується втечею. Від пережитого хвилювання з Біллі Бонсом трапляється апоплексичний удар. Прикутий на кілька днів до постелі, він зізнається Джиму, що служив штурманом у покійного капітана флінта – прославленого пірата, чиє ім’я ще недавно наганяло жах на мореплавців. Старий штурман боїться, що його колишні спільники, які полюють за вмістом його матроської скрині, надішлють йому чорну мітку – знак піратського попередження

Так і відбувається. Її приносить відразливого виду сліпий по імені П’ю. Коли той іде, Біллі Бонс збирається бігти, але його хворе серце не витримує, і він умирає. Розуміючи, що в таверну незабаром повинні наскочити морські розбійники, Джим з матір’ю посилають односільчан за допомогою, а самі вертаються, щоб взяти зі скрині померлого пірата належні їм за постій гроші. Разом із грішми Джим забирає зі скрині якийсь пакет

Ледь юнак з матір’ю встигають покинути будинок, як з’являються пірати, яким не вдається знайти того, що вони шукають. По дорозі скакають митні стражники, і розбійникам доводиться забратися восвояси. А сліпий П’ю, кинутий спільниками, попадає під копита коня

У пакеті, що Джим віддає двом добропорядним джентльменам, докторові Ливси й сквайрові (англійський дворянський титул) Трелони, виявляється карта острова, де заховані скарби капітана Флінта. Джентльмени вирішують відправитися за ними, взявши Джима Хокинса юнгою на корабель. Пообіцявши докторові не присвячувати нікого в меті майбутньої подорожі, сквайр Трелони їде в Брістоль, щоб купити судно й найняти команду. Згодом з’ясовується, що сквайр не стримав слова: все місто знає, куди й навіщо збирається плисти шхуна «Испаньола».

Набрана їм команда не подобається найнятому їм же капітанові Смоллетту, якому здається, що матроси недостатньо надійні. Більшість із них були рекомендовані власником таверни «Підзорна труба» одноногим Джоном Сильвером. Сам колишній моряк, він наймається на корабель як кок. Незадовго до відплиття Джим зустрічає в його таверні Чорного Пса, що, побачивши юнака, тікає. Доктор і сквайр довідаються про цей епізод, але не надають йому значення

Усе з’ясовується, коли «Испаньола» уже підпливає до Острова скарбів. Забравшийся в бочку з-під яблук Джим випадково чує розмова Сильвера з матросами, з якого довідається, що більшість із них пірати, а їхній ватажок – одноногий кок, що був квартирмейстером у капітана флінта. Їхній задум полягає в тім, щоб, виявивши скарбу й доставивши їх на борт корабля, убити всіх чесних людей на судні. Джим повідомляє друзям про почутий, і ті приймають подальший план дій

Ледь шхуна кидає якір в острова, дисципліна на судні починає різко падати. Назріває бунт. Це суперечить задуму Сильвера, і капітан Смоллетт дає йому можливість утихомирити команду, поговоривши з матросами віч-на-віч. Капітан пропонує їм відпочити на березі, а перед заходом повернутися на корабель. Залишивши на шхуні спільників, пірати на чолі із Сильвером відправляються на шлюпках до острова. В одну зі шлюпок, незрозуміло навіщо, стрибає Джим, що, втім, тікає, тільки-но тільки вона досягає землі

Блукаючи по острові, Джим зустрічає Бена Ганна – колишнього пірата, залишеного тут товаришами три роки тому. Він поплатився за те, що переконав їх зайнятися пошуками скарбів капітана Флінта, які виявилися безуспішними. Бен Ганн говорить, що скоріше готово допомагати природженим джентльменам, чим джентльменам удачі, і просить Джима передати це друзям. Ще він повідомляє юнакові, що в нього є човен, і пояснює, як неї знайти

А в цей час капітанові, докторові, сквайрові із трьома слугами й матросові Эйбу Грію, що не пожелали залишатися з піратами, вдається на ялику бігти із судна, прихопивши із собою зброя, боєприпаси й запас провізії. Вони вкриваються в зрубі за частоколом, де тече струмок і можна довго тримати облогу. Побачивши над частоколом британський прапор, а не «Веселий Роджер», що підняли б пірати, Джим Хокинс розуміє, що там друзі й, приєднавшись до них, розповідає про Бена Ганне.

Після того як мужній маленький гарнізон відбиває атаку піратів, що прагнуть заволодіти картою скарбів, доктор Ливси відправляється на зустріч із Бенем Ганном, а Джим робить новий непояснений учинок. Він без дозволу залишає форт, відшукує приналежному Бену Ганну човен і відправляється на «Испаньолу». Скориставшись тим, що незадовго до його появи два охранявших її пірати влаштували п’яну бійку, у якій один з них загинув, а інший був поранений, Джим захоплює корабель і відводить його в затишну бухту, після чого вертається вфорт.

Але друзів своїх він там не знаходить, а виявляється в руках у піратів, яким, як він потім довідається, форт був відданий без бою. Вони вже хочуть додати юнака болісної смерті, як раптом за нього заступається Джон Сильвер. Стає ясно, що ватажок розбійників до того моменту вже розуміє, що гра програна, і, захищаючи Джима, намагається врятувати власну шкіру. Це підтверджується, коли до форту приходить доктор Ливси, що віддає Сильверу жадану карту, а колишній кок одержує від нього обіцянка врятувати його від шибениці

Коли морські розбійники прибувають на те місце, де, як показує карта, зариті скарби, вони знаходять порожню яму й збираються вже розтерзати свого ватажка, а разом з ним і хлопчиська, як раптом лунають постріли й двоє з них падають намертво, Інші пускаються навтьоки. Що прийшли на допомогу доктор Ливси, матрос Эйб Грій і Бен Ганн ведуть Джима й Сильвера в печеру, де їх чекають сквайр і капітан. З’ясовується, що Бен Ганн давно вже відшукав золото Флінта й перетаскав його у своє житло,

Зануривши скарбу на корабель, усе відправляються в дорогу назад, залишивши піратів на незаселеному острові. В одному з портів

Америки Сильвер робить втечу, прихопивши мішечок із золотими монетами. Інші благополучно досягають берегів Англії, де кожний одержує свою частку скарбів